位于錦繡湖畔的自然館就是一座巨大的植物溫室，主要展示世界上不同地域、不同氣候帶的珍稀植物及生態景觀。自然館建筑本身半埋地下，立面材料選用玻璃、木材與少量混凝土結合，保證整個館內有充足的光照。自然館倚山而建，層層疊疊，與地形完美結合，從高度上、視覺上弱化了建筑的體量，保證在建筑內部也可以從不同角度領略錦繡湖面和更遠處各個展園的美景。

　　自然館內的植物呈多層分布，上層喜光下層喜光半陰，有小喬木，也有灌木。這種分層設計叫做“生態位”，能使館內植物各取所需，減少植物死亡率。自然館里不僅有各種珍奇的花草樹木，還有仙人掌成林的沙漠景觀，按照仿生學制造的大型昆蟲模型，以及各種色彩鮮艷、形狀各異的蝴蝶和甲蟲標本。