鳶尾的分類一直存在著爭議，并導致分類的混亂。植物學分類和園藝學上的分類也有所不同。近年來，國際上多用美國鳶尾協會的分類系統，現介紹如下。

　　林奈將許多植物歸于鳶尾屬，而從林奈時期起至今又有許多植物歸于鳶尾屬，現在鳶尾屬植物總數已超過200～300種。以后的分類又將許多植物歸于其它亞屬，并以組和更小的分類單位分類，但仍留于鳶尾屬內。

　　到了19世紀，植物學家創建了一些新屬，如飾冠鳶尾屬、南非鳶尾屬、假種皮鳶尾和西班牙鳶尾。然而就這些屬的歸屬有兩種觀點。一是將這些屬分成幾個單獨部分，二是將這些屬歸于鳶尾屬。例如，J.G.Baker在其1892年倫敦出版的鳶尾手冊中將西班牙鳶尾和南非鳶尾從鳶尾屬中分出。

　　W.R.Dykes在他的《鳶尾屬》（劍橋大學出版社，1913年；1974年由Dover重印）論文中用折中的辦法澄清了鳶尾分類。原來在各個屬的鳶尾種群成為鳶尾屬中的組。這些包括飾冠鳶尾屬、南非鳶尾屬、和西班牙鳶尾屬。（W.R.Dykes進一步將這些鳶尾組分成種群）其它種群仍留在鳶尾屬之外。蛇頭鳶尾（林奈稱之為球根鳶尾）留在長果鳶尾屬內，而許多被林奈歸于鳶尾屬的南非鳶尾種類仍留在鞘鳶尾屬內。

　　L.Diels的鳶尾分類完善了W.R.Dykes的鳶尾分類。在無髯鳶尾組下設立了亞組。

　　1953年G.H.Lawrence對鳶尾進行了重新分類。修訂了Randolph發表在《鳶尾園藝》上的鳶尾分類。（L.F.Radolph，編輯者；美國鳶尾協會，1959年）。W.R.Dykes的組和亞組被調整為亞屬、組、亞組和系，而且沒有任何鳶尾種類調進調出鳶尾屬。美國鳶尾協會一直使用這種分類。