長城在1987年被列入《世界遺產名錄》。當時，包括鄭孝燮、羅哲文在內的學者曾提出大運河也應該申遺，但囿于種種原因，運河一直沒有申遺。

　　2005年，聯合國教科文組織將遺存運河和文化線路列入了新的世界遺產種類。在這樣的背景下，有著“運河三老”之稱的學者鄭孝燮、羅哲文、朱炳仁以《關于加快京杭大運河遺產保護和申遺工作》為題，聯名致信18個運河城市的市長，呼吁加快京杭大運河申報世界文化遺產的工作，認為：“站在歷史的高度來看，京杭大運河的價值和風貌千萬不能在我們這一代人手中斷流。”

　　“過去運河申遺一直鼓不起勁來，對于運河究竟該怎么保護，尤其它是個活態的文化遺產，一直爭議很多。在運河上做點事情是牽一發而動全身的，究竟誰來掌舵，誰來協調，這是個很大的困難，所以運河申遺一直很緩慢在前行。”朱炳仁這樣回憶。

　　由于經濟價值的喪失，自覺去保護一條全長1794公里、貫通五大水系的大運河，變得幾乎難以實現。從2006年開始，有人提出“重新開鑿運河”、“重建漕運總署衙門”，在山東濟寧召開的一次運河大會上，有專家呼吁把整個運河重新挖出來；更早的時候，還有人提出要把大運河建成“水上高速”，包括開挖被湮沒的古河道、重建分水工程等。

　　2006年3月，58位全國政協委員聯名向全國政協提交了《應高度重視京杭大運河的保護和啟動申遺工作》的提案，呼吁啟動對京杭大運河的搶救性保護工作，并在適當的時候申報世界文化遺產。

　　是年5月，全國政協組織專家考察京杭大運河保護與申遺活動的情況，對運河全線進行調查研究，并通過《京杭大運河保護與申遺杭州宣言》。這年12月，國家文物局公布了重設的《中國世界文化遺產預備名單》，將原先榜上無名的京杭大運河列在首位。

　　彼時的一個現實是，在運河沿線的各省市，基本上各自為政，處于散亂狀態，使大運河實際上成為各段各地的“小運河”。為此，大運河聯合申遺辦公室（下稱“聯合申遺辦”）作為大運河保護與申遺城市聯盟在2007年6月成立。

　　當時，揚州、濟寧、無錫都在爭這個牽頭城市，另一個運河沿線的重要城市杭州則沒有提出申請。彼時的杭州正專注于西湖申遺，“如果杭州在當時提出申請的話，應該會很有競爭性。”杭州市運河綜保委副主任高小輝告訴時代周報記者。

　　“揚州、濟寧、無錫三個城市各有特點，但揚州的優勢更明顯，現存的運河河道揚州最多、歷史關聯度最高。更重要的是，揚州地方政府對運河申遺十分熱心。”大運河聯合申遺辦副主任姜師立告訴時代周報記者。由此，揚州成為了大運河申報世界文化遺產的牽頭城市。

　　在國家文物局的組織下，2008年3月，大運河保護和申遺第一次工作會議在揚州召開，明確了大運河申遺的工作方案，決定以城市聯盟的形式聯合申報世界文化遺產。會議還決定將通往河南洛陽的隋唐大運河整合進來，把“京杭大運河申遺”改稱為“中國大運河申遺”，涉及城市則擴大到33個。

　　自大運河計劃申遺以來，“全線申報”還是“片段申報”，一直是各界廣泛探討和反復爭論的問題之一，國外已列入世界遺產名錄的運河都是全線或整段申報，它們往往是保存完好的技術范例、風景優美的連續水道。

　　此外，文物界更大的爭議來自于：大運河究竟該保護什么？是河床還是沿線城鎮？是水工設施還是港口碼頭？那些已經湮沒的地方怎么保護？那些干涸的老河床、排污的臭水溝怎么辦？那些已經消失的水渠要不要重建？

　　對于大運河這樣龐大的遺產，如何像其他文物古跡一樣向人們整體展示，也成為一個難題。

　　“基于中國大運河各段河道特征各異、遺存面貌豐富的構成特點，我們主張選擇各河段的代表性段落構成系列遺產進行申報，這是能夠滿足世界遺產有關真實性和完整性要求的優選申報策略。”中國文化遺產研究院的一位人士如是介紹。

　　在反復討論中，專家學者們爭論焦點最終集中在是否將浙東運河列入申遺范圍。有專家表示，運河申遺重點在于人工痕跡，浙東運河作為一條自然河道，人工開鑿痕跡顯然不多，自然不該列入運河申遺范圍。

　　有的專家則認為，浙東運河是目前大運河中自然和人工雙系統并存的唯一運河段，應該納入申遺范圍。“南宋時期，它是南宋王朝的生命線，漕米、食鹽和其他物品的運輸和人員往來等，都有依賴浙東運河。”大運河聯合申遺辦副主任姜師立告訴時代周報記者。

　　在多輪溝通后，意見逐漸統一。最終，浙東運河也被納入到了大運河申遺的范圍。

　　遴選確定申遺點

　　2009年4月，由國務院總牽頭，8個省市和13個部委聯合組成大運河保護和申遺省部際會商小組，正式建立省部協商機制。至此，大運河申遺上升為國家的意志和行動。