按照國務院的統一部署，2009年至2014年是大運河保護和申報世界文化遺產工作的關鍵時期，分為三個階段。第一階段是從2009年到2010年的啟動階段，第二階段是從2011年到2012年的保護、整治階段，第三階段是從2013年到2014年的申報階段。

　　“第一階段的工作主要包括制訂規劃、加強協調、遴選預備名單、編制申報文本等。”姜師立介紹。

　　大運河是特殊文化遺產，怎么做規劃，國內未有先例。國家文物局前局長單霽翔把大運河需要保護的遺產分了三層：第一層是運河河道及其附屬設施；第二層是與大運河相關的遺跡，包括因運河而生的城鎮、建筑等；第三層是大運河周邊環境景觀和非物質文化遺產。

　　區別于一般的文化遺產，大運河的基本功能還在繼續發揮作用，單霽翔稱之為“活態遺產”。在山東濟寧以南，大運河至今仍擔負著內陸運輸的功能。

　　2011年3月，大運河聯合申遺的遺產預備名單公布，96個項目（65處遺產點+31段河道）被列入，79個項目（67處遺產點+12段河道）被后續列入。

　　同年5月，國家文物局下發大運河申遺的倒計時方案，要求沿線城市按時完成規劃審批，全面推進遺產點、段的保護整治，完善遺產監測和管理，做好各項基礎工作。

　　在此期間，根據有關部委的意見，國家文物局刪除了預備名單中原列入的現京杭運河江南運河段主航道、現京杭運河鎮江至常州段、現京杭運河常州至無錫段3個河段和后續列入的四十里河、十八里河、廢黃河、姚江、老不牢河5個河段，并調整縮小了原頔塘、浙東運河主線、淮河口—洪澤湖段等3個河段的范圍。

　　由于多次專家論證一致認為，大運河申遺應當以運河段落為主，結合重要的水利、航運樞紐和相關文化遺產點。遺產點如果不以運河河段為依托，就失去了列入大運河申報項目的基本條件。

　　為此，國家文物局相應刪除了上述河段沿線的江蘇省的丹陽開泰橋、常州萬緣橋、常州萬安橋、古清口遺址，浙江省的新市市河與歷史街區、三江閘、錢塘江與運河運口水利航運設施群中的三堡船閘，以及姚江水利航運設施及相關遺產群中的姚江大閘、壓塞堰共9個遺產點。

　　2013年初，國家文物局正式確定了首批申遺點段，它們分布在8個省市的31個遺產區，涉及27段河道和58處遺址點，河道總長1011公里。

　　揚州的旅游景點個園是大運河申遺點之一，個園管理處主任金川告訴時代周報記者，個園之所以被列入到申報點，是因為鹽業與大運河息息相關，“個園雖然只是鹽商文化的一個側面，卻見證了揚州鹽業從鼎盛到衰敗的歷史。”

　　2013年6月底，沿線省份完成大運河地方性立法、遺產保護展示和環境整治工程、界樁和保護標志設置、遺產檔案和監測系統建設等工作。

　　申遺背后的利益驅動

　　2013年9月，大運河申遺迎來了國際專家的現場考察和評估，為了迎接專家審查，各地政府都十分重視，揚州市甚至專門召開動員會，分解環境整治的各項任務，并由市長簽字督察。

　　金川在當時接待了來自聯合國的專家。他回憶，“聯合國專家詳細詢問了個園的游客峰值數，并問如果景區人數超量的話，我們會怎么做？我的回答是，個園游客的峰值是2萬左右，一旦超過數字，我們有著緊急預案，比如會立刻停止售票。”

　　聯合國專家的疑問，恰恰是申遺成功后可能出現的一個場景。世界遺產帶來的旅游收益明顯，山西平遙古城在1997年申報世遺，之前的1996年，國內游客只有10萬人次，門票收入104萬元，旅游綜合收入1250萬元。而在被列入世界文化遺產后的2000年，這幾項數字分別猛增為63萬人次、780萬元和7800萬元，是1996年的6.3倍、7.5倍和6.2倍。

　　運河申遺背后，能給地方的旅游產業帶來重大影響，從而提升地方的GDP。地方政府的官員也不隱瞞自己借大運河申遺之機發展旅游的意圖。早在2006年，濟寧市委副書記趙樹國就坦言，“運河文化旅游帶”已納入當時的濟寧規劃建設的重點旅游項目之中。2009年開始，濟寧市啟動了南陽古鎮的保護和維修項目，計劃總投資9.5億元。

　　這是一股以旅游為導向的大運河開發熱，幾乎所有的運河申遺沿線城市都難掩其沖動。2007年，杭州市余杭區啟動以塘棲古鎮保護為重點的運河綜保工程，整個工程計劃投資80億-100億元，計劃用5-8年，把塘棲打造成申遺樣板、運河名鎮、國際旅游綜合體。

　　2013年10月，無錫市宣布，總投資達100多億元的京杭大運河無錫段運河古城項目啟動，該項目已投入近60億元修復資金用于清明橋街區，后期由天朗集團接手投入70億元打造運河古城，欲打造成集文化演藝、酒店集群、藝術品交易平臺為一體的文商旅“江南文化集萃地”。

　　山東聊城的七級鎮計劃在未來三年時間內，投資16億元打造“運河文化古鎮”。徐州借大運河申遺維修保護遺產的機會，其轄內的新沂窯灣古鎮保護修繕，已經投入了3.2億元。

　　鎮江市沒有出現在本次運河申遺的城市中,但鎮江仍然計劃投資20億元，完成古運河平政橋—迎江橋段西側景觀改造，計劃建設古運河中段的主題精品酒店。