同時，專家們就保護林管理方法提出建議，建議重建管理體制，希望森林管理局在進行保護林劃定及管理時，一方面要整合各種復雜的委員會；另一方面要以所有的保護林為對象，成立由自然環境專家及地區相關人士組成的委員會，廣泛聽取意見，重新建立管理體制；希望森林管理局按照世界自然保護聯盟（IUCN）確定的保護地種類劃分保護林，并加入世界保護區數據庫（WDPA）；希望在重新認識監測方法的同時，推進監測成果共享；培養專業職員；提高公眾意識。

　　新的保護林制度將保護林從原來的7類改為3類：森林生態系統保護區、生物群落保護林、珍稀物種群保護林。按照以前保護林制度劃分的7種保護林，在今后數年間將進行重新劃分。3種新的保護林類型的管理目標如下：

　　森林生態系統保護區：通過保護和管理代表日本氣候帶或森林帶的原生天然林，維持由森林系統組成的自然環境，保護野生生物和遺傳資源，開發森林作業和管理技術，開展學術研究等。

　　生物群落保護林：通過保護和管理具有地區固有的生物集群的森林，維持由森林系統組成的自然環境，保護野生生物和遺傳資源，開發森林作業和管理技術，開展學術研究等。

　　珍稀物種群保護林：通過保護和管理稀有野生生物繁殖和棲息所必需的森林，提高該野生生物種群的可持續性，保護野生生物和遺傳資源，開展學術研究等。